人體腸道菌動輒數千種，腸道菌是否平衡能夠透過檢測量化？張君照說，人體的腸道菌種類繁多，目前雖然有檢測方式，但多數只能檢測出腸道菌的大致分佈，未能細緻地辨別出所有菌種，主要原因有二，人類還沒有辦法找出「所有」腸道菌並將其命名，再者是檢驗儀器也未發展到可精確辨識細菌的菌種。
國內常見的腸道菌叢檢驗方式，分別為16S rRNA基因定序、全基因體宏基因組分析、糞便短鏈脂肪酸與其代謝物分析3種。
張君照說，16S rRNA基因定序，可檢測糞便中是否含有特定菌種，如已知益生菌，但無法判斷菌種是否活著；全基因體宏基因組分析，透過高通量DNA定序全面掃描腸道中的病毒、細菌與真菌，雖能掌握菌相分布與代謝方式，但成本高、資料難解讀；糞便短鏈脂肪酸與其代謝物分析，可評估腸道菌群功能，推測是否含有有益菌並判斷發炎風險。
張君照表示，目前腸道檢測還不是完全精準，加上腸道菌相的改變非常快速，可能一天吃過多的高油、高糖食物，隔天腸道菌相就出現變化，所以持續觀察人體的反應症狀，可以了解腸道是否不適或健康。建議可以持續補充好菌，維持腸道菌相平衡。
如果腸道菌相出現變化時，可觀察腸胃系統、免疫系統、代謝系統及情緒是否出現變化辨別，如腹脹、脹氣、腹瀉或便秘、皮膚易過敏、容易焦慮、憂鬱、失眠等。
